Hynek là người sáng lập và là người đứng đầu của Trung tâm Nghiên cứu UFO (CUFOS). Được thành lập vào năm 1973 tại Evanston, Illinois (nhưng hiện có trụ sở tại Chicago), CUFOS ủng hộ phân tích khoa học về các trường hợp UFO. Kho lưu trữ rộng lớn của CUFOS bao gồm các tập hồ sơ có giá trị từ các nhóm nghiên cứu dân sự như NICAP, một trong những nhóm nghiên cứu UFO phổ biến và đáng tin cậy nhất trong những năm 1950 và 1960.